XII. Piusz pápa 1941. január 21-én nevezte ki győri püspökké. Bátran kiállt a faji megkülönböztetés ellen. Védte és befogadta az üldözötteket. 1945 nagypéntekén, amikor a püspökségre menekült lányokat és asszonyokat védelmezte, egy szovjet katona golyója halálosan megsebesítette. A kórházban megoperálták. Életét felajánlotta áldozatul Egyházunkért, hazánkért és megbocsátott gyilkosainak, 1945. április 2-án, húsvéthétfőn halt meg.
Ideiglenesen a Karmelita-templom kriptájában temették el. Csak 1986. május 23-án kerülhetett sor arra, hogy hamvait a Bazilikában eltemessék a már 1948-ban elkészült márvány koporsóba.
II. János Pál pápa 1997. november 9-én a vértanú-boldogok sorába iktatta. Sírjához állandóan érkeznek a közbenjárást kérő hívek.

A jó pásztor életét adja juhaiért

Nagypéntek volt az a nap, amelyen a világ Üdvözítője életét áldozta azokért, akikről előző napon így emlékezett meg főpapi imájában: Atyám,… tieid voltak és nekem adtad őket. … akiket nekem adtál, megőriztem azokat (Jn 17, 6 s köv.). És Nagypéntek volt az a nap, amelynek alkonyán az isteni Mester hűséges szolgája életét adta azokért, akiket a gondviselés ezekben a nehéz órákban reá bízott: Életét adta, de megőrizte azokat.

Erkölcsi bátorságát, különösen azokban az időkben mutatta meg, amikor sok ártatlannak igazságtalan és embertelen üldözését látta. Nem tekintve semmi kockázatot, védelmébe vette az üldözötteket. És ugyanezzel a bátorsággal áll ki Nagypénteken a rábízottak testi-lelki védelmében, amikor a halálát okozó lövések érték.

A test erőtlen, a lélek azonban erős (vö. Mt 26, 41). A válságos állapotban vergődő sebesült püspök mindvégig nyugodt, panasz nem hagyja el ajkát, lelkét már az istenközelség érzései ihletik, amikor a szentségeket felveszi.

Húsvét ünnepének utolsó órája is lepergett. Győr püspöke hazaindul az örökkévalóságba. Szavai már a végső búcsút vevő főpásztor fohászai:

„Még egyszer üdvözlöm a papjaimat. Köszönöm szerető ragaszkodásukat, és kérem, tartsanak meg emlékezetükben. Legyenek hűek az Egyházhoz, hirdessék bátran az Evangéliumot. Segítsék romjaiból felépíteni szerencsétlen magyar hazánkat. És vezessék vissza az igaz útra szegény félrevezetett népünket.

Istenem, Atyám, a te kezedbe ajánlom testemet, lelkemet! (Vö. Lk 23, 46) Jézus, Mária, Szent József, legyetek énvelem, most és halálom óráján! Jézus Szentséges Szíve, bízom benned!

Felajánlom összes szenvedésemet engesztelésül a saját bűneimért, de felajánlom papjaimért, az ország vezető embereiért és ellenségeimért. Kérem az Istent, ne tulajdonítsa nekik bűnül (vö. ApCsel 7, 60). Azt, amit elvakultságukban az Egyház ellen tesznek.

Felajánlom szenvedésemet az édes magyar hazáért és az egész világért.

Szent István, könyörögj, a szegény magyarokért!”

Az isteni Gondviselésnek úgy tetszett, hogy magához vegye a főpásztort és atyát, de ugyanakkor mindörökre híveinek adta, mint az önfeláldozás hősi példaképét. Ezt köszönjük meg a Háromszemélyű egy Istennek, aki csodálatos az ő műveiben, és akinek a neve legyen áldott mindörökké.

(Boldog Apor Vilmos győri püspök haláláról – 1945. évi egyházmegyei körlevél 4-7. oldal)